Plusieurs outils sont ensuite à disposition de l'Etat et de l'animateur pour mettre en place la stratégie définie dans le DOCOB.
1. Les Mesures Agro-Environnementales territorialisées (MEAt)
Les MAEt sont contractualisées entre un agriculteur ou un éleveur et l’Etat pour favoriser les pratiques agricoles respectueuses de l'environnement. Ces mesures permettent de rémunérer les surcoûts et les manques à gagner liés à la mise en œuvre d'itinéraires techniques et de pratiques plus respectueuses de l'environnement. Les MAEt sont gérées par les directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Plusieurs MAEt ont été signées sur le bassin versant du Jaudy-Guindy-Bizien.
Les contrats Natura 2000 sont signés entre un propriétaire (ou un bailleur) de terrain et l'Etat pour une durée minimale de 5 ans. Ils permettent de financer des actions favorables aux espèces et milieux naturels des directives européennes.Toute personne physique ou morale peut signer un contrat : association, propriétaire, collectivité territoriale …Les contrats Natura 2000 comportent un ensemble d’engagements, ils définissent la nature et les modalités des aides de l’Etat et de l'Europe et les prestations à fournir en contrepartie par le bénéficiaire. Un cahier des charges est annexé au Contrat Natura 2000. Les contrats Natura 2000 sont également gérés par les DDTM.
Au total, 15 contrats Natura 2000 ont été signés entre 2003 et 2011. Ils portent principalement sur de la gestion et la restauration de landes et de zones humides, la restauration de talus et de haies, ainsi que sur la protection et la mise en valeur du Sillon de Talbert
Les chartes Natura 2000 permettent aux propriétaires d'être exonérés de la taxe foncière sur les terrains non bâtis, en échange d'un engagement à préserver la biodiversité (espèces et milieux des directives européennes) de ses terrains. Il s’agit d’assurer une gestion « compatible » avec les objectifs du DOCOB sans pour autant signer un contrat Natura 2000. Des modèles de chartes Natura 2000 figurent dans le TOME 4 du DOCOB.